Die erste Eisenbahnlinie in Japan wurde 1872 auf der Strecke von Tokio nach Yokohama gebaut. 1874 folgte die Strecke Kobe - Osaka und 1877 dann die Strecke von Osaka nach Kyoto. Diese Strecken wurden später in die Tokaido Hauptlinie integriert.
Durch die ständig schlechte finanzielle Lage des Staates und die hohen Kosten welche durch den Eisenbahnbau verursachte wurden, reagierte die Regierung im Jahr 1880 mit der Möglichkeit Privatbahnen unter steuerlicher vergünstigten Konditionen zu gründen. Durch diese Massnahme stellten sich schnell finanzielle Erfolge ein. Schliesslich betrug bereits 1893 das Streckennetz ungefähr 2‘100 km. Davon waren noch rund ca. 880 km in staatlicher Hand.
Von 1906 bis 1907 wurden diese Privatbahnen jedoch wieder verstaatlicht. Dies aus militärischen und strategischen Gründen um damit eine bessere Kontrolle über die Bahnen zu haben. Das nach dem Russisch Japanischen Krieg erstarkte Militär sicherte sich so den Zugriff auf das mit ca. 5‘200 km umfassende Streckennetz der Privatbahnen. Dem gegenüber hatte die Staatsbahn lediglich ein Streckennetz von ca. 2‘500 zu bieten. Die Bahn wurde dem neuen Eisenbahnamt (Tetsudoin) unterstellt. Operativ war es nun ein reiner Staatsbetrieb unter dem Namen Kaiserliche Staatsbahn (Teikoku Ttetsudo).
Nachkriegszeit
1949, nach dem Zweiten Weltkrieg, wurde die bisherige Staatsbahn in ein öffentliches Unternehmen namens Nippon Kokuyu Tetsudo umgewandelt. Wie bereits Ende des vorhergehenden Jahrhunderts waren die Gründe für die Umwandlung die hohen Schulden, welche sich aber nun in den Jahren nach dem Krieg angesammelt hatten.
Am 26. September 1954 ereignete sich das grösste Unglück in der Geschichte des Unternehmens. Die von der Staatsbahn betriebene Eisenbahnfähre Toya, welche die Insel Hokkaido über die Tsugaru-Strasse mit der Hauptinsel Honshu verband, sank an diesem Tag aufgrund des Taifun Nr. 15 (Taifun Marie). Dieses Unglück hatte 1‘153 Todesopfer zur Folge.
Am 7. Juni 1983 wurde von der japanischen Regierung eine Kommission zur Sanierung der Japanischen Staatsbahn ernannt. Dieses Gremium setzte sich aus fünf Mitgliedern, alles hochrangige Industriemanager und Hochschullehrer, zusammen. Es war geplant bis Mitte des Jahres 1987 ein Konzept zur Aufteilung der Staatsbahn in sieben privatrechtlich organisierte Gesellschaften zu erarbeiten.
Aufspaltung und Privatisierung
Das staatliche Unternehmen wurde mit Wirkung per April 1987 in sieben privatrechtliche Gesellschaften unter dem Dach der Japan Railways (JR) gegliedert.
Die staatliche Bahngesellschaft hatte zu diesem Zeitpunkt Schulden in Höhe von mehr als 37 Billionen Yen angehäuft. Diese Summe war mehr als die Hälfte des ganzen japanischen Staatshaushaltes! Mit der Privatisierung übernahm die öffentliche Hand 69% der Schulden. Die restlichen 31 Prozent teilte sich auf die Gesellschaften auf der japanischen Hauptinsel auf:
JR Higashi-Nihon ( JR East), JR Nishi-Nihon (JR West) und JR Tokai (JR Central)
Im Geschäftsjahr 1991/92 erwirtschafteten die sieben Nachfolgegesellschaften, bei einer Umsatzsteigerung von durchschnittlich 7%, einen Gewinn von 146 Mrd. Yen.
JR East, JR West und JR Central konnten bis dahin ihren Schuldenstand nur unwesentlich senken. JR East, die grösste der drei Bahngesellschaften auf der Hauptinsel, wies am Ende des Geschäftsjahres 1991/92 Schulden in Höhe von 5,42 Billionen Yen auf. Die entsprach 2,8 x dem Jahresumsatz. Der Schuldenberg bei JR Central lag bei 5,47 Billionen Yen.
Die JR-Nachfolgegesellschaften JR East, JR Central und JR West arbeiten heute gewinnbringend und werden an der Börse frei gehandelt. Auch die anderen Gesellschaften sollen mit Hilfe staatlicher Infrastrukturmaßnahmen an die Börse gebracht werden.