Die Ebisu Station ist nach dem örtlichen Yebisu Bier benannt. Dieses wurde einst in einer Brauerei, welche sich in der Nähe befand, gebraut.

Die Station wurde im Jahre 1901 als ursprünglicher Frachtterminal für die benachbarte Yebisu Bierfabrik in Betrieb genommen. Die ersten Personenzüge verkehrten am 30. September 1906. Die Tokio Tamagawa Strassenbahnlinie wurde 1927 bis zum Bahnhof verlängert. Im Mai 1945 wurde das Bahnhofsgebäude durch die Bombardierung Tokio’s in Schutt und Asche gelegt. 1982 wurde der ehemalige Bahnfracht-Terminal sowie die Sapporo-Brauerei in Ebisu geschlossen. Im Jahr 1996 wurde die Saikyo-Line bis nach Ebisu verlängert. Zwischen 1996 und 2002 war Ebisu für Fahrgäste die südlichste Endstation der Saikyo-Linie.