Die erhöht gelegene Station besteht aus nur einer Insel Plattform für zwei Spuren der Saikyo-Linie und der Shonan-Shinjuku-Linie. Die Station liegt knapp einen Kilometer nördlich des weitläufigen Shinjuku Station Komplexes. Das Stadtquartier Kabukicho im Stadtbezirk Shinjuku ist in ca. 5 Minuten zu Fuss zu erreichen.

Die Shin-Okubo Station wurde am 15. November 1914 in Betrieb genommen. Im Geschäftsjahr 2011 wurde der Bahnhof von durchschnittlich 42‘433 Fahrgästen täglich genutzt.

Am 26. Januar 2001 kamen ein 47-jähriger Fotograf aus Yokohama und ein 26-jähriger koreanischer Student an der Station ums Leben. Sie hatten versucht einen betrunkenen Japaner, welcher auf die Geleise gefallen war, zu retten. Alle drei wurden von einem herannahenden Zug der Yamanote-Linie erfasst. Die Lebensgeschichte des koreanischen Studenten bildeten die Grundlage für den Film „26 Years Diary“ welcher im Jahr 2007 in Japan und 2008 in Korea veröffentlicht wurde.

In unmittelbarer Nähe der Station befindet sich Okubo-dori mit vielen kleinen Geschäften in den Seitenstrassen. Dort werden koreanische Lebensmittel und Artikel aus der Pop Kultur feilgeboten. Unzählige koreanische Themen-Bars, Discos und Restaurants säumen die Strassen.